R Markdownの参考文献は通常では文書末尾に挿入されます。しかし、多くの場合は挿入場所を、以下の呪文を唱えた場所に変更できます。

::: {#refs}
:::

これは、R Markdownの拡張元となっているMarkdown方言（Pandoc’s Markdown）の機能です。

:::はHTMLでいうところの<div>に相当し、{}の中身は<div>に指定した属性に相当します。

つまり以下に同じ。

<div id=refs></div>

Pandocはこの種の<div>を特別扱いして、参考文献の挿入先と認識します。

ただし、これはPandocが自身に組込みのciteprocという参考文献処理エンジンを使う場合に限定されます。

一方、rticlesパッケージの出力形式の一部は、参考文献処理エンジンの既定値がnatbibやbiblatexが変更されています。そこで、出力形式のcitation_package引数にdefaultを渡すと、同様に制御できるようになります¹。たとえば出力形式にrticles::sim_article関数を使うなら以下の通り。

output:
  rticles::sim_article:
    citation_package: default

注意点は以下の通り。

• 参考文献処理エンジンを変更するため、書式が想定と異なる可能性がある

• rticles::agu_article関数など一部は、<div>が\hypertarget{refs}{}に変換されてしまい、以下のエラーを発します。

  ! Undefined control sequence. l.218 \hypertarget {refs}{}

  この問題はLuaフィルタで解決できる可能性もあります。 R Markdownが内部で使っているPandocでは2.19.1でpandoc.utils.citeproc関数が追加され、Luaフィルタ内でcitationを解決できるようになりました²。

ちなみにrticles::sim_articleを使った出力例は以下です。