blogdown の場合

blogdown のコードブロックにおいてシンタックスハイライトと行番号を有効にするには，以下のコードをそれぞれの html に仕込めばいいようだ．

もうちょっと杜撰ながら，記事ごとにコントロールしやすい方法としては，「その他の html 出力の場合」と同様に本文中にスクリプトを直接書き込む．本記事ではそうした．

尚，下記は hugo-bootstrap テーマを利用した場合の話で，テーマによっては若干ファイル名に差異があるかもしれない．

<link href="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/highlight.js/9.13.1/styles/monokai.min.css" rel="stylesheet">

<script src="//cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/highlight.js/9.15.6/highlight.min.js"></script>
<script src="//cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/highlight.js/9.15.6/languages/r.min.js"></script>
<script src="//cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/highlightjs-line-numbers.js/2.3.0/highlightjs-line-numbers.min.js"></script>
<script>
  hljs.initHighlightingOnLoad();
  hljs.initLineNumbersOnLoad();
</script>

/* for block of numbers */

td.hljs-ln-numbers {
    -webkit-touch-callout: none;
    -webkit-user-select: none;
    -khtml-user-select: none;
    -moz-user-select: none;
    -ms-user-select: none;
    user-select: none;

    text-align: right;
    color: #ccc;
    border-right: 1px solid #CCC;
    vertical-align: top;
    padding-right: 5px;

    color: #ccc;
}
 
/* for block of code */
td.hljs-ln-code {
    padding-left: 10px !important;
}

```{r setup, include = FALSE}
knitr::opts_chunk$set(class.output = 'nohighlight')
```

その他の html 出力の場合

とりあえず下記を Rmd ファイル冒頭にでも仕込んで下さい．なぜか knit にえらく時間がかかるようになるので注意です．すぐ結果を見れるのがウリな html_notebook ではストレスが大きいと思います．³

html_document, html_notebook, bookdown::html_document2, tufte::tufte_html で動作を確認しました． pagdown::html_paged では動きませんでした．

<link href="//cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/highlight.js/9.13.1/styles/monokai.min.css" rel="stylesheet">
<script src="//cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/highlight.js/9.15.6/highlight.min.js"></script>
<script src="//cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/highlight.js/9.15.6/languages/r.min.js"></script>
<script src="//cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/highlightjs-line-numbers.js/2.3.0/highlightjs-line-numbers.min.js"></script>
<script>
  hljs.initHighlightingOnLoad();
  hljs.initLineNumbersOnLoad();
</script>

```{css, echo = FALSE}
/* To remove box around code */
pre {
  background: transparent;
  border: transparent;
}

/* for block of numbers */

td.hljs-ln-numbers {
    -webkit-touch-callout: none;
    -webkit-user-select: none;
    -khtml-user-select: none;
    -moz-user-select: none;
    -ms-user-select: none;
    user-select: none;

    text-align: right;
    color: #ccc;
    border-right: 1px solid #CCC;
    vertical-align: top;
    padding-right: 5px;

    /* your custom style here */
}
 
/* for block of code */
td.hljs-ln-code {
    padding-left: 10px !important;
}
```

```{r setup, include = FALSE}
# 出力をハイライトをオフにする
# 残念なが行番号もオフになる
knitr::opts_chunk$set(class.output = 'nohighlight')
```

Enjoy!