R起動時に不足パッケージを導入しつつ読み込む

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.Rprofileを使って

いつも使うパッケージはR起動時に読み込む

例えば， tidyverse を読み込みたいなら，

options(defaultPackages = c(getOption('defaultPackages'), 'tidyverse'))

とする．

library ではなく options を利用することで，filter() で dplyr::filter() を呼ぶつもりが stats::filter() を呼んでしまうような事故を防げる．

不足パッケージをインストールしたい

これは一筋縄ではいかず，私は callr::r() を使うことで解決した．

pkg_installed <- rownames(installed.packages()) # インストール済みパッケージの列挙
pkg_required <- 'tidyverse' # 欲しいパッケージの列挙
pkg_missing <- setdiff(pkg_required, pkg_installed) # 不足パッケージの列挙

if(length(pkg_missing) > 0) # 不足パッケージのインストール
  callr::r(
    func = function(pkg) utils::install.packages(pkg), # 実行したい関数
    args = list(pkg = pkg_required), # 関数に与える引数のリスト
    repos = c(CRAN = "https://cran.ism.ac.jp/"), # レポジトリの設定
    user_profile = FALSE, # .Rprofile を読み込まないよう設定
    system_profile = FALSE # .Rprofile.site を読み込まないよう設定
  )

callr::r() は do.call のプロセス分離版と思えばいい．
第一引数 func に実行したい関数，第二引数 args に func に与える引数をリストで与える．
プロセスが異なる都合上，レポジトリを設定したり，.Rprofile や .Rprofile.site を読み込むか否かを設定できる．
.Rprofile や .Rprofile.site は，以前はデフォルトで読み込んでいたが，今は読み込まないらしい．
確実を期して user_profile = FALSE , system_profile = FALSE として明示的に読み込みを防ごう．
特に .Rprofile を読み込み直されると，パッケージインストール前に .Rprofile を読み込み直すことを繰り返してしまう．

ちなみに callr を使わず， install.packages() するとパッケージインストール前に .Rprofile を読み込み直すため無限地獄に落ちる．

GitHubパッケージも似た要領で devtools::install_packages を組み合わせればOK．

必要なパッケージを適宜インストールしつつ読み込みたい

以上の内容を組み合わせると，大体こんな流れになる．
callr だけは手動でインストールしなければならない．

以上を踏まえた上で，

という設定を加えたものが以下．


# Copy .Rprofile to project root
if(!file.exists('.Rprofile') && dir(pattern = '\\.Rproj$') > 0)
  file.copy('~/R/.Rprofile', '.Rprofile')

# Tokyo as default CRAN mirror
options(repos = c(CRAN = "https://cran.ism.ac.jp/"))

# Pkg

## Installed packages
installed <- rownames(utils::installed.packages())

## Stop if callr not installed
if(!('callr' %in% installed)) stop('Install callr to load .Rprofile') 

## Required packages on CRAN and GitHub

cran <- c(
  'data.table',
  'dplyr',
  'ggplot2',
  'here',
  'pacman',
  'pipeR',
  'purrr',
  'stringr',
  'tidyr'
)

gh <- c('atusy/mytools')
gh2 <- gsub('.*/', '', gh)

## Which required packages are not installed?

cran_missing <- setdiff(c('devtools', cran), installed)
gh_missing <- gh[!(gh2 %in% installed)]

## Install missing packages

callr::r(
  function(cran, gh) {
    if(length(cran) > 0) utils::install.packages(cran)
    if(length(gh) > 0) devtools::install_github(gh)
    invisible(NULL)
  },
  args = list(cran = cran_missing, gh = gh_missing),
  repos = getOption('repos'),
  user_profile = FALSE
)

## Set default packages
options(defaultPackages =
  c(getOption('defaultPackages'), cran, gh2)

# Remove values

rm(installed, cran, gh, gh2)